Classificação geral dos 45 times da Segundona após 2 fases

Em vermelho são os times eliminados na 1ª fase, os de laranja são os eliminados na 2ª fase, e os amarelo são os classificados para a 3ª fase.

* - Perdeu 3 pontos no TJD por escalação irregular e por não ter computado o jogo Jacareí 1 x 1 União Mogi.
** - Perderam 3 pontos no TJD por escalação irregular.
*** - SEV/Hortolândia perdeu 3 pontos no TJD por escalação irregular.